蛋白、RNA與DNA互作
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ChIRP-WB（Chromatin Isolation by RNA Purification-Western Blot）是一種靶向驗證RNA與蛋白互作關系的技術，通過聯合探針Pulldown共沉淀與Western Blot檢測，明確目的RNA與候選蛋白在特定細胞或組織內的相互作用。其核心價值在于驗證ChIRP-Mass等高通量技術篩選出的互作蛋白，或研究不同實驗條件下RNA-蛋白互作的動態變化，是RNA調控機制研究中的關鍵驗證工具。
ChIRP-seq（Chromatin Isolation by RNA Purification followed by sequencing）是一種用于研究RNA與染色質相互作用的高通量測序技術，主要通過特異性探針捕獲目標RNA（如lncRNA、circRNA），并結合測序分析其在全基因組范圍內的結合位點及互作分子。該技術可同時解析RNA、DNA與蛋白質三者的互作關系，是揭示細胞核內非編碼RNA（ncRNA）生物學機制的關鍵手段。
ChIRP-qPCR是ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）技術與qPCR（定量聚合酶鏈反應）相結合的實驗方法，主要用于研究RNA與DNA之間的相互作用，可在基因組水平上獲得轉錄調控RNA（如增強子RNA，eRNA）調控的下游靶基因，并結合qPCR研究結合調控強度。該技術利用生物素標記的RNA互補探針特異性結合目標RNA，捕獲與其結合的DNA染色體片段，經純化后通過qPCR對特定DNA序列進行定量分析，從而確定RNA與DNA的結合情況及結合程度。
ChIRP-MS（Chromatin Isolation by RNA Purification-Mass Spectrometry）是一種基于ChIRP技術的蛋白質鑒定方法，主要用于篩選與目標RNA（如lncRNA、circRNA）特異性結合的蛋白質。其核心原理是通過生物素標記的探針靶向捕獲RNA-蛋白質復合物，經純化后利用質譜技術鑒定相互作用蛋白，具有不受RNA長度限制的優勢，可廣泛應用于RNA結合蛋白的系統性發現。
